Le Dr Helena Malmström effectue un échantillonnage sur place de la matière osseuse dans un laboratoire d'échantillonnage mobile. Crédit :Université d'Uppsala
Une analyse génomique d'anciens restes humains du KwaZulu-Natal a révélé que l'Afrique australe a un rôle important à jouer dans l'écriture de l'histoire de l'humanité. Une équipe de recherche de l'Université d'Uppsala, Suède, les universités de Johannesburg et du Witwatersrand, Afrique du Sud, présente leurs résultats dans le premier numéro en ligne du 28 septembre Science .
L'équipe a séquencé les génomes de sept individus qui vivaient en Afrique australe il y a 2300-300 ans. Les trois individus les plus anciens datant d'il y a 2300-1800 ans étaient génétiquement liés aux descendants des groupes Khoe-San du sud, et les quatre individus plus jeunes qui vivaient il y a 500-300 ans étaient génétiquement liés aux groupes de langue bantoue sud-africaine d'aujourd'hui. "Cela illustre le remplacement de population qui s'est produit en Afrique australe, " dit la co-première auteure Carina Schlebusch, généticien des populations à l'Université d'Uppsala.
Les auteurs estiment que la divergence entre les humains modernes s'est produite entre 350, 000 et 260, il y a 000 ans, basé sur les anciens génomes des chasseurs-cueilleurs de l'âge de pierre. Le temps intermédiaire le plus profond de 350, Il y a 000 ans représente une comparaison entre un ancien garçon chasseur-cueilleur de l'âge de pierre de Ballito Bay sur la côte est de l'Afrique du Sud et le Mandingue ouest-africain. "Cela signifie que les humains modernes ont émergé plus tôt qu'on ne le pensait auparavant, " dit Mattias Jakobsson, généticienne des populations à l'Université d'Uppsala qui a dirigé le projet avec l'archéologue de l'âge de pierre Marlize Lombard à l'Université de Johannesburg.
Les archives fossiles de l'Afrique de l'Est, et en particulier les fossiles Omo et Herto, ont souvent été utilisées pour définir l'émergence d'humains anatomiquement modernes à environ 180, il y a 000 ans. L'estimation la plus profonde de la divergence humaine moderne à 350, 000-260, Il y a 000 ans coïncide avec les fossiles de Florisbad et Hoedjiespunt, contemporains de l'Homo naledi à petit cerveau en Afrique australe. "Il semble maintenant qu'au moins deux ou trois espèces d'Homo occupaient le paysage de l'Afrique australe pendant cette période, qui représente également les premières phases de l'âge de pierre moyen, " dit Marlize Lombard. Il sera intéressant de voir à l'avenir si nous trouvons des preuves d'interaction entre ces groupes.
"Nous n'avons trouvé aucune preuve de structure profonde ou de mélange archaïque parmi les chasseurs-cueilleurs de l'âge de pierre d'Afrique australe. Au lieu de cela, nous voyons des preuves d'une structure profonde dans la population ouest-africaine, mais cela n'affecte qu'une petite fraction de leur génome et a à peu près le même âge que la divergence la plus profonde parmi tous les humains, " dit Mattias Jakobsson.
Modèle démographique de l'histoire africaine et divergences estimées. Les lignes colorées verticales représentent la migration, avec des triangles pointant vers le bas représentant le mélange dans un autre groupe. Les chasseurs-cueilleurs d'Afrique australe sont représentés par des symboles rouges, et les fermiers de l'âge du fer comme symboles verts. Extrait de la figure 3. Crédit :Université d'Uppsala
Les auteurs ont également découvert que toutes les populations Khoe-San actuelles se sont mélangées aux pasteurs migrants d'Afrique de l'Est il y a un peu plus de mille ans. "Nous ne pouvions pas détecter ce mélange répandu d'Afrique de l'Est auparavant car nous n'avions pas de groupe San non mélangé à utiliser comme référence. Maintenant que nous avons accès à l'ADN ancien de personnes qui vivaient dans le paysage avant la migration est-africaine, nous sommes en mesure de détecter les pourcentages de mélange dans tous les groupes San. Les pourcentages de mélange dans le Khoekhoe, historiquement identifiés comme pasteurs, sont supérieurs aux estimations précédentes, " dit Carina Schlebusch.
Parmi les individus de l'âge du fer, trois portent au moins un allèle nul de Duffy, protection contre le paludisme, et deux ont au moins une variante de résistance à la maladie du sommeil dans le gène APOL1. Les individus de l'âge de pierre ne portent pas ces allèles protecteurs. "Cela nous dit que les agriculteurs de l'âge du fer portaient ces variantes de résistance aux maladies lorsqu'ils ont migré vers l'Afrique australe, " dit la co-première auteur Helena Malmström, archéogénéticien à l'Université d'Uppsala.
Marlize Lombard a déclaré que "des gisements archéologiques datant de l'époque de la scission par 350, 000-260, il y a 000 ans, attestent que l'Afrique du Sud était peuplée de chasseurs-cueilleurs fabriquant des outils à l'époque. Bien que les fossiles humains soient rares, ceux de Florisbad et Hoedjiespunt sont considérés comme transitionnels vers les humains modernes.
Marlize Lombard (Université de Johannesburg) fouillant à Sibudu Cave (sous la direction du Prof Lyn Wadley, Université du Witwatersrand), à environ 40 km au sud-est de la baie de Ballito, où le garçon a été retrouvé. La grotte était occupée par intermittence par des humains il y a au moins 77 000 ans qui pourraient être les ancêtres du garçon Ballito. Crédit :Lyn Wadley, Université du Witwatersrand.
La transition de l'homme archaïque à l'homme moderne n'a peut-être pas eu lieu dans un seul endroit en Afrique mais dans plusieurs, y compris l'Afrique australe et l'Afrique du Nord, comme on l'a récemment signalé. "Ainsi, les preuves à la fois paléo-anthropologiques et génétiques indiquent de plus en plus les origines multirégionales des humains anatomiquement modernes en Afrique, c'est-à-dire que l'Homo sapiens n'est pas originaire d'un seul endroit en Afrique, mais pourrait avoir évolué à partir de formes plus anciennes dans plusieurs endroits du continent avec un flux de gènes entre des groupes de différents endroits, " dit Carina Schlebusch.
"Il est remarquable que nous puissions maintenant séquencer des génomes entiers d'anciens restes humains des zones tropicales, comme la côte sud-est de l'Afrique du Sud, " dit Helena Malmström. C'est prometteur pour nos nombreuses enquêtes en cours en Afrique.
Cumulativement, ces découvertes jettent un nouvel éclairage sur l'histoire africaine profonde de notre espèce et montrent qu'il y a encore beaucoup à apprendre sur notre processus de devenir des humains modernes et que l'interaction entre la génétique et l'archéologie a un rôle de plus en plus important à jouer.
