Le rongeur australien indigène Pseudomys fumeus, nommé souris fumée pour sa couleur, luttait déjà contre l'extinction lorsque la saison des feux de brousse 2019-2020 a éclaté.

Les feux de brousse de l'été noir, qui ont incendié plus de 24 millions d'hectares, auraient tué environ 1 milliard d'animaux et mis en danger plus de 100 espèces menacées. Les incendies ont également détruit plus de 90 % de l'habitat de la souris fumeuse, et neuf souris sont même mortes dans un établissement d'élevage en captivité près de Canberra par inhalation de fumée de feu de brousse.

Mais tout n'est pas perdu :un génome de référence nouvellement séquencé aidera désormais les efforts de conservation en cours de cette espèce indigène australienne.

Poches précieuses de souris

Nous n'avons pas vu de souris fumées sauvages dans le Territoire de la capitale australienne depuis 1987. À Victoria, l'espèce n'est présente que dans les Grampians, les hauts plateaux du centre et les régions alpines, et en Nouvelle-Galles du Sud dans les régions alpines du parc national de Kosciuszko et les forêts du sud-est. près de Nullica.

Un plan de rétablissement actif a été établi pour la souris en 2006. Dans ce cadre, les défenseurs de l'environnement ont créé deux populations captives, avec des lâchers dans les forêts du sud-est près de Nullica et une réserve à l'épreuve des prédateurs dans l'ACT.

Ces petites souris indigènes sont plus que mignonnes, environ le double de la taille de la souris domestique introduite (Mus musculus). Leur fourrure anthracite est douce et soyeuse, et elles sentent très bon aussi. Les mâles sentent particulièrement un peu comme la vanille brûlée fumée; ces animaux ont un tempérament charmant et calme.

Au cours des 12 derniers mois, une équipe du Museums Victoria Research Institute a mené des enquêtes pour rechercher des poches survivantes de la population de souris en voie de disparition, en vue des futurs efforts de réintroduction de souris élevées en captivité.

Pour soutenir ces efforts de conservation en cours, DNA Zoo de l'Université d'Australie-Occidentale s'est associé à Kevin Rowe, conservateur principal des mammifères du Museums Victoria, pour séquencer un premier génome de référence de longueur chromosomique complète pour l'animal.

Protéger ce que nous avons

Nous pouvons maintenant utiliser ce génome de référence pour éclairer la stratégie de conservation. Les chercheurs cartographieront 70 séquences d'ADN individuelles de souris fumées provenant de l'ensemble de l'habitat de l'animal, des Grampians, dans l'ouest de Victoria, jusqu'au sud-est des Nouvelles baleines du Sud.

Accroître notre compréhension de la faune vivante et gérer de manière responsable les ressources disponibles font partie des défis scientifiques et sociaux les plus cruciaux auxquels nous sommes confrontés aujourd'hui.

Malgré de grandes avancées technologiques, il y a beaucoup de choses que nous ignorons sur la biodiversité indigène de l'Australie. Dans le même temps, il est de plus en plus menacé par les incendies de forêt, le changement climatique, la destruction de l'habitat, l'exploitation des espèces et d'autres activités liées à l'homme.

Heureusement, nous pouvons utiliser la génomique pour aider à formuler une stratégie de conservation éclairée. En effet, l'échantillonnage de la diversité génomique peut nous donner une compréhension de base de l'état de l'espèce (ce que les biologistes appellent la "forme de la population"). Avec ces connaissances en main, nous pouvons mieux concevoir des programmes de conservation.

Par exemple, chez les espèces en voie de disparition dont les populations sont fortement réduites, nous pouvons éviter la consanguinité si nous utilisons des données génomiques pour aider à concevoir des programmes de sélection. De cette façon, les animaux auront moins de gènes qui entraînent une mort prématurée et auront une résistance accrue aux maladies.

Consulter les plans génétiques

L'obtention des plans génétiques de la faune australienne créera une puissante source de découvertes pour améliorer et augmenter les services écosystémiques. Un cadre de surveillance bien conçu est essentiel au succès sur le terrain des programmes de conservation.

Dans le cadre du plan de rétablissement de la souris fumeuse, nous disposons de séquences d'ADN d'individus des Grampians, ainsi que d'échantillons historiques datant de 1934 provenant de populations éteintes des Otways et de l'Extrême-Orient du Gippsland.

Les échantillons des Grampians sont particulièrement intéressants. C'est parce que cette population est la plus isolée, éloignée d'environ 350 kilomètres de la population connue la plus proche dans les Yarra Ranges des Central Highlands.

Depuis 2012, Museums Victoria et ses partenaires ont piégé, marqué et collecté des échantillons - des biopsies d'oreille et des boulettes de caca, qui ne sont pas nocives pour les animaux - de plus de 200 souris fumeuses dans les Grampians. Grâce à ce travail, nous avons maintenant le registre le plus nombreux et le plus continu de l'espèce à Victoria.

De plus, des études de piégeage et de caméras fauniques sur plus de 100 sites ont révélé des populations de souris fumées localisées dans deux zones à moins de 10 km de la chaîne Victoria et de la chaîne du mont William, respectivement.

Les chercheurs vont maintenant chercher des indices génétiques sur la façon dont ces animaux ont persisté malgré la sécheresse, les prédateurs envahissants et les incendies importants.

Ce qui est encourageant, c'est à quel point la technologie puissante, comme le séquençage du génome, la bioinformatique et bien d'autres combinées, nous aide maintenant à comprendre et à préserver la biodiversité. Pour la première fois dans l'histoire, nous pouvons accélérer et séquencer efficacement les génomes de notre unique espèce indigène australienne. + Explorer plus loin

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Cet article est republié de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lire l'article d'origine.