La préparation de l'Afrique à contenir la propagation du COVID-19 est déterminée par plusieurs facteurs. Jusqu'à présent, l'accent a été mis sur les systèmes de santé faibles de l'Afrique. Mais la compétence scientifique croissante de la région en virologie, la génomique et les collaborations intersectorielles pour effectuer des recherches qui éclaireront les politiques de confinement sont tout aussi importantes. Et ils ont été largement ignorés.

Le monde se concentre sur le développement de diagnostics, vaccins et médicaments pour le COVID-19. Dans ce contexte, il est important d'examiner dans quelle mesure les scientifiques et les institutions africains sont préparés à mener des essais cliniques de vaccins et de médicaments.

Des travaux de terrassement sont déjà en cours. L'Afrique, à la fois au niveau du continent et au niveau de chaque pays, est mieux préparée à mener des recherches sur les infections émergentes que lors des épidémies d'Ebola en Afrique de l'Ouest à partir de 2013.

Un exemple est la création des Centres africains de contrôle des maladies. Il a été fondé par l'Union africaine en 2016 à la suite de l'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest. C'est une institution technique spécialisée qui soutient les initiatives de santé publique des États membres. Il est également conçu pour renforcer les capacités et les capacités des institutions de santé publique africaines ainsi que les partenariats. L'objectif est de s'assurer que les pays africains peuvent détecter et répondre rapidement et efficacement aux menaces et aux épidémies de maladies, sur la base d'interventions et de programmes fondés sur des données.

De nombreux pays sont également mieux équipés pour mener des recherches novatrices.

Des percées importantes

Moins d'une semaine après le premier cas confirmé de COVID-19 au Nigeria, des scientifiques locaux ont signalé la première séquence du génome du SRAS-CoV-2 d'Afrique. La séquence a été immédiatement mise à disposition pour une utilisation par la communauté scientifique mondiale.

Le 1er mars 2020, un échantillon du premier cas de COVID-19 au Nigeria a été envoyé à deux des meilleurs instituts de recherche du Nigeria. Il s'agissait du Centre d'excellence africain pour la génomique des maladies infectieuses de l'Université Redeemer, et le Centre de virologie humaine et de génomique de l'Institut nigérian de recherche médicale pour le séquençage et la caractérisation moléculaire.

Le délai entre la réception de l'échantillon et la génération de la séquence était de trois jours. L'analyse par grappes du génome était cohérente avec les antécédents de voyage de la personne infectée entrée au Nigéria depuis l'Europe. Le traitement des échantillons et l'analyse des données ont été un effort de collaboration de plusieurs institutions locales. Les partenaires extérieurs à l'Afrique n'ont fourni qu'un soutien limité.

La création de nombreux instituts nationaux de santé publique, avec le soutien du Centre africain de contrôle et de prévention des maladies, créé l'environnement régional pour que les travaux de génomique soient effectués à grande échelle à l'aide d'équipements à haut débit.

La percée a montré que le Nigeria a un haut niveau de compétence technique, vitesse de traitement, rigueur scientifique et ouverture d'esprit.

Dans encore un autre exemple, Des chercheurs sud-africains ont récemment signalé le séquençage du génome d'un échantillon local de SARS-COV-2. Le séquençage du SARS-CoV-2 a été réalisé en Chine, les États-Unis et l'Europe pour déterminer l'identité de la souche locale du virus.

Les études de séquençage sont importantes pour détecter de nouvelles formes de virus en cas de mutation. Ceci est essentiel pour la surveillance afin de déterminer la propagation du virus. Les données générées par les études génomiques informent également le développement de vaccins.

De nombreux pays d'Afrique, dont le Nigéria, Le Kenya et l'Afrique du Sud possèdent désormais des laboratoires nationaux de niveau 3 de biosécurité pour travailler avec des virus et d'autres agents pathogènes hautement infectieux. Le Gabon et l'Afrique du Sud disposent de laboratoires de niveau de biosécurité 4.

Ces développements marquent un changement important au cours des sept dernières années. Par exemple, au début de l'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest, presque toutes les séquences du génome ont été réalisées en dehors de l'Afrique. Des scientifiques africains ont travaillé en tant que participants secondaires. Et avant l'épidémie d'Ebola en Sierra Leone en 2014, aucune installation nationale n'était équipée pour effectuer les tests moléculaires requis pour le diagnostic des infections virales.

Mais en 2016, des laboratoires avaient été créés pour effectuer le séquençage du génome localement. De nombreux virologues et épidémiologistes sont désormais en mesure de collaborer avec des biologistes moléculaires compétents et équipés.

Initiatives panafricaines

Les Centres africains de contrôle des maladies dirigent les efforts régionaux dans la recherche et la gestion du COVID-19 sur le continent. En outre, le Forum africain de réglementation des vaccins du Bureau régional de l'Organisation mondiale de la santé aide les pays à auditer les propositions d'essais cliniques de vaccins et de médicaments. L'objectif est de protéger la propriété intellectuelle du continent.

Au niveau national, les investigations virologiques et génomiques menées au Nigeria en mars 2020 ont été coordonnées par le Nigeria Center for Disease Control.

Pour sa part, le South African Medical Research Council a récemment créé un centre de génomique pour permettre un séquençage abordable du génome entier en Afrique afin de faciliter l'innovation en matière de santé.

Compte tenu de la gravité de la menace COVID-19, pays offrent des financements pour la recherche sur le continent. Par exemple, le Partenariat pour les essais cliniques entre l'Europe et les pays en développement a lancé un appel à propositions pour soutenir les activités de recherche en Afrique subsaharienne afin de gérer et de prévenir la propagation du COVID-19. Le partenariat est financé par l'Union européenne. Le budget de l'appel de 4,75 millions d'euros comprend un financement du ministère sud-africain de la Science et de l'Innovation.

Avec un peu de chance, cela encouragera d'autres pays africains à s'engager à financer la recherche sur le COVID-19 en Afrique.

Cet article est republié à partir de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lire l'article original.