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Les premiers fossiles humains connus étaient ceux de Néandertaliens (Homo neanderthalensis), découverts à la fin des années 1840. Ce n’est que dans les années 1990 et 2000 que les preuves génétiques ont confirmé que les Néandertaliens partageaient l’ADN mitochondrial avec les humains modernes (Homo sapiens). En 2008, une avancée majeure a eu lieu lorsque des restes fossilisés de la grotte de Denisova, dans les montagnes de l'Altaï en Sibérie, ont révélé une espèce d'hominidés jusqu'alors inconnue :les Denisoviens. Des analyses ADN ultérieures ont démontré que les Dénisoviens se sont également croisés avec nos ancêtres.
Avec le soutien du Conseil européen de la recherche, la professeure agrégée d'écologie et de biologie évolutive de l'Université Brown, Emilia Huerta-Sanchez, et la chercheuse postdoctorale du Trinity College de Dublin, la Dre Linda Ongaro, ont comparé les génomes de Denisovan et ceux de l'homme moderne. Leur étude, publiée dans Nature Genetics en novembre 2024, a identifié des signatures génétiques partagées à trois moments distincts du début de l’histoire humaine :il y a environ 46 000 ans, il y a 30 000 ans et peut-être il y a 15 000 ans. Ces découvertes mettent en évidence un réseau complexe d'interactions entre les lignées.
Le Dr Ongaro a déclaré au Trinity College de Dublin :"C'est une idée fausse très répandue selon laquelle les humains ont évolué soudainement et proprement à partir d'un ancêtre commun. Plus nous en apprenons, plus nous réalisons que le croisement avec différents hominidés a façonné les personnes que nous sommes aujourd'hui. "
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Les Néandertaliens vivaient il y a entre 28 000 et 300 000 ans, coexistant avec Homo sapiens pendant de longues périodes avant de disparaître. Les Dénisoviens, connus grâce à une poignée de fossiles (un doigt, une mâchoire, des fragments de crâne et des dents), auraient existé il y a entre 30 000 et 500 000 ans. Les données génétiques indiquent que les Néandertaliens et les Dénisoviens ont divergé il y a environ 400 000 à 500 000 ans, ce qui en fait de proches cousins.
L’article de Nature Genetics propose que plusieurs populations dénisovanes habitaient des régions éloignées, notamment la grotte karstique de Baishiya sur le plateau tibétain de Chine. Les populations modernes de ces régions ont hérité d'adaptations à ces environnements variés, comme un locus génétique conférant une tolérance à l'hypoxie (faible teneur en oxygène), des gènes immunitaires améliorés et un gène influençant le métabolisme des lipides pour la génération de chaleur dans les climats froids. Le Dr Ongaro a noté que les recherches futures sur des groupes peu étudiés et sur les fossiles dénisoviens récemment découverts combleront probablement les lacunes dans notre compréhension de l'influence de cette espèce ancienne sur les humains contemporains.