Cette classification était basée sur le fait que les deux groupes sont procaryotes, ce qui signifie qu'ils n'ont pas de noyau et d'autres organites liés à la membrane. Cependant, des recherches supplémentaires ont révélé des différences significatives dans leurs structures cellulaires, leur biochimie et leur génétique, conduisant à la séparation des eubactéries (maintenant simplement des bactéries) et des archébactéries (maintenant simplement archaéa) en royaumes séparés.
