Bien que la membrane nucléaire elle-même n'ait pas de couleur, elle est souvent tachée de colorants en microscopie pour le rendre visible. Les taches courantes comprennent:
* dapi (4 ', 6-diamidino-2-phénylindole) :Cette tache se lie à l'ADN et à la fluorescence bleue.
* iodure propidium (pi) :Cette tache se lie également à l'ADN et à la fluorescence rouge.
Ainsi, la couleur apparente d'une membrane nucléaire dépend de la technique de coloration utilisée en microscopie.