1. Courbure de l'ADN : Les protéines peuvent induire des courbures dans la double hélice de l’ADN, ce qui peut révéler des séquences d’ADN cachées. Ceci peut être réalisé par des protéines qui se lient à des séquences d'ADN spécifiques et induisent un changement conformationnel dans la structure de l'ADN, ou par des protéines qui se lient au squelette de l'ADN et induisent une courbure de l'ADN sans spécificité de séquence.
2. Boucle d'ADN : Les protéines peuvent rapprocher des séquences d’ADN distantes en bouclant l’ADN. Ceci peut être réalisé par des protéines qui se lient à deux séquences d'ADN différentes et les rassemblent, ou par des protéines qui se lient à une seule séquence d'ADN et induisent une boucle dans l'ADN.
3. Fusion de l'ADN : Les protéines peuvent faire fondre la double hélice de l’ADN, ce qui peut révéler des séquences d’ADN cachées. Ceci peut être réalisé par des protéines qui se lient à des séquences d'ADN spécifiques et perturbent les liaisons hydrogène entre les paires de bases de l'ADN, ou par des protéines qui se lient au squelette de l'ADN et induisent un changement conformationnel dans la structure de l'ADN qui conduit à la fusion.
4. Déroulement de l'ADN : Les protéines peuvent dérouler la double hélice de l’ADN, ce qui peut révéler des séquences d’ADN cachées. Ceci peut être réalisé par des protéines qui se lient à des séquences d'ADN spécifiques et déroulent l'ADN d'une manière spécifique à une séquence, ou par des protéines qui se lient au squelette de l'ADN et induisent un changement conformationnel dans la structure de l'ADN qui conduit au déroulement.
5. Autres mécanismes : En plus de ces mécanismes, les protéines peuvent également se lier à des séquences d'ADN cachées par d'autres mécanismes, par exemple en s'intercalant entre des paires de bases d'ADN, en se liant à des modifications de l'ADN ou en interagissant avec d'autres protéines liées à l'ADN.
Le mécanisme spécifique par lequel une protéine se lie à l’ADN caché dépend de la structure et de la fonction de la protéine, ainsi que de la séquence et de la structure de l’ADN.
