Les montagnes innuites sont situées dans l'Arctique canadien, une région dominée par le pergélisol et les glaciers. Bien qu'il existe de nombreux lacs et rivières dans la chaîne de montagnes, les principaux plans d'eau Associés aux montagnes innuites se trouvent principalement sur les côtes et îles environnantes :

* Océan arctique: Il s'agit du plus grand plan d'eau entourant les montagnes innuites, englobant ses limites nord et ouest.

* Baffin Bay: Une grande baie située à l'est des montagnes innuites, séparant l'île de Baffin du Groenland.

* Lancaster Sound: Un détroit qui sépare l'île de Baffin de l'île Devon, faisant partie du passage nord-ouest.

* Jones Sound: Un détroit séparant l'île Devon de l'île d'Ellesmere, qui fait également partie du passage nord-ouest.

* Davis Strait: Un détroit entre le Groenland et l'île de Baffin, reliant la baie de Baffin à l'océan Atlantique.

* Strait Hudson: Un détroit reliant la baie d'Hudson à l'océan Atlantique, situé au sud des montagnes innuites.

Remarque: Alors que de nombreux lacs et rivières existent dans les montagnes innuites, elles sont généralement plus petites et ne sont pas considérées comme des «plans d'eau majeurs» comme ceux mentionnés ci-dessus.