Crédit :Université du Texas à Austin
Il est temps de faire le plein de mouchoirs.
Alors que les jours passent soudainement de la chaleur estivale à la fraîcheur hivernale, vous semblez connaître plus de personnes malades, avoir été malade, ou pire, tombent lentement malades. En effet, les mois les plus froids signifient que les insectes saisonniers sont en plein flux - certains scientifiques disent même que la saison de la grippe de cette année sera particulièrement mauvaise.
La grippe va d'un inconvénient pour certains à un danger pour la vie pour d'autres. Pour les personnes âgées, les femmes enceintes et les jeunes enfants, la propagation de la grippe est inquiétante. Le meilleur espoir aujourd'hui est de se laver les mains régulièrement et de se faire vacciner contre la grippe.
Mais si nous en savions plus sur ces virus, les chercheurs croient que nous pourrions apprendre leurs faiblesses et rester en avance sur eux. Maintenant, des scientifiques de tout le pays utilisent des superordinateurs au Texas Advanced Computing Center pour trouver des moyens d'arrêter les virus sur leur élan.
Peter Kasson, professeur agrégé de physiologie moléculaire et de génie biomédical à l'Université de Virginie, fait partie de ces chercheurs. Son travail combine l'informatique et la biologie pour comprendre les infections virales telles que la grippe et le Zika.
"Les virus sont ces paquets vraiment minuscules qui encodent beaucoup de complexité, " a déclaré Kasson.
Son équipe de recherche observe expérimentalement les virus en les marquant manuellement avec des protéines fluorescentes et en les observant au microscope pour comprendre comment ils affectent les cellules. Cependant, il s'agit d'un processus difficile et long avec une marge d'erreur humaine.
Entrez dans le nouveau supercalculateur Frontera de l'UT, le supercalculateur universitaire le plus puissant au monde.
En plus d'étudier les virus expérimentalement, un supercalculateur permet à l'équipe de Kasson de démonter les mécanismes viraux critiques et de les comprendre au niveau atomique à l'aide de simulations – des recréations virtuelles du comportement d'un virus.
Supercalculateurs du Texas Advanced Computing Center. Crédit :TACC
De ces nouvelles connaissances, ils veulent suivre et combattre les virus. "Ce que nous faisons guide le développement de nouvelles thérapies antivirales et nous aide également à évaluer l'efficacité des vaccins et à quel point l'immunité des personnes peut empêcher de nouvelles menaces virales de provoquer une maladie généralisée aux États-Unis."
C'est un processus intensif qui demande du temps et de la puissance de traitement, "un défi qui nécessite les supercalculateurs les plus rapides au monde, " a déclaré Kasson.
La vitesse de calcul de Frontera permet aux chercheurs d'utiliser des quantités massives de données expérimentales pour développer et affiner des simulations.
Les chercheurs peuvent même créer leurs propres programmes qui exécutent des simulations, examiner les résultats, et ensuite, les programmes décident automatiquement de ce qu'il faut explorer ensuite, de sorte que les simulations elles-mêmes et les prochaines simulations à effectuer soient automatisées. Cela accélère considérablement le processus et avec de plus en plus de courses, crée des modèles plus détaillés et plus précis.
En tant que l'un des 36 groupes de recherche mondiaux sélectionnés pour participer à la première période d'utilisation de Frontera, L'équipe de Kasson affirme que le processus de configuration de leurs simulations a été extrêmement fluide.
"Nous avons pu obtenir des résultats préliminaires passionnants que nous sommes très impatients d'aller plus loin, " a déclaré Kasson. " Depuis que nous utilisons Frontera, nos simulations se déroulent deux ou trois fois plus vite que sur les supercalculateurs précédents auxquels nous avons eu accès."
L'utilisation de ces superordinateurs pourrait conduire à de nouvelles avancées dans la compréhension et la lutte contre tous les types de virus.
Peut-être qu'un jour viendra où les mois les plus frais ne seront plus synonymes de saison grippale et où nous pourrons tous vivre des changements de saison avec moins de courbatures, tousse et éternue.
En attendant, attrapez simplement ces mouchoirs et espérez pour le mieux.
