Les premiers systèmes de classification, comme ceux d'Aristote, se sont principalement concentrés sur animaux et plantes . Ils étaient largement basés sur des caractéristiques observables, et les micro-organismes étaient tout simplement trop petits pour être vus à l'œil nu.

Par conséquent, micro-organismes , y compris les bactéries, les champignons, les protistes et les virus, étaient manquants de ces classifications précoces.

Ce n'est qu'avec l'invention du microscope au XVIIe siècle que les scientifiques ont commencé à découvrir et à classer ces organismes microscopiques.