Cela l'a amené à proposer le concept de allèles , formes alternatives d'un gène, et que chaque individu hérite de deux allèles pour chaque trait, un de chaque parent. Il a également réalisé que l'allèle récessif était toujours présent dans la génération F1, même s'il ne se manifeste pas. Il peut réapparaître dans la génération F2 lorsque deux individus F1 sont croisés.
Cette découverte de la domination a été une percée cruciale pour comprendre comment les traits sont passés des parents à la progéniture et ont ouvert la voie à la génétique moderne.