Cependant, certains processus de fermentation spécialisés peut se produire dans d'autres compartiments cellulaires:
* mitochondrie: Bien qu'ils ne soient pas directement impliqués dans la fermentation, les mitochondries peuvent jouer un rôle dans certaines voies de fermentation en fournissant des substrats ou en supprimant les sous-produits. Par exemple, dans la fermentation de l'acide lactique, le pyruvate produit dans la glycolyse est transporté dans les mitochondries, où il peut être traité davantage.
* vacuoles: Dans certains organismes, les vacuoles peuvent agir comme des compartiments de stockage pour les produits de fermentation. Par exemple, dans la levure, la vacuole peut stocker de l'éthanol produit pendant la fermentation alcoolique.
Il est important de se rappeler que ce sont des exceptions, et la grande majorité des processus de fermentation se produisent dans le cytoplasme.
