1. Techniques moléculaires:
* Séquençage direct: L'ADN peut être extrait directement des échantillons environnementaux (sol, eau, etc.) et séquencé. Cela permet aux chercheurs d'identifier les espèces présentes, même si elles ne peuvent pas être cultivées dans un laboratoire.
* PCR (réaction en chaîne par polymérase): Des séquences d'ADN spécifiques peuvent être amplifiées à partir d'échantillons environnementaux à l'aide de PCR, permettant la détection et l'identification de bactéries spécifiques.
* métagénomique: L'ensemble du matériel génétique (ADN) d'un échantillon environnemental est séquencé, permettant d'identifier toutes les espèces bactériennes présentes, y compris celles qui sont incultivables.
* Metatranscriptomics: Cette technique analyse l'ARN présent dans un échantillon environnemental, fournissant des informations sur les gènes qui sont activement exprimés par les bactéries, offrant des informations sur leurs fonctions et interactions.
2. Techniques microscopiques:
* Hybridation in situ par fluorescence (poisson): Des sondes fluorescentes qui se lient à des séquences d'ADN spécifiques sont utilisées pour visualiser les bactéries dans leur environnement naturel. Cette technique permet aux chercheurs d'identifier et de quantifier des bactéries spécifiques sans avoir besoin de les cultiver.
* Microscopie électronique (EM): EM fournit des images à haute résolution de bactéries, révélant leur morphologie et leurs caractéristiques structurelles. Bien que l'EM ne puisse pas identifier directement les espèces, elle peut aider à classer les bactéries en fonction de leur apparence.
3. Tests fonctionnels:
* Étiquetage des isotopes: Des isotopes stables (comme 13C ou 15N) sont utilisés pour suivre le métabolisme des bactéries dans un échantillon environnemental. Cela permet aux chercheurs d'étudier les rôles fonctionnels des bactéries dans l'écosystème, même s'ils ne peuvent pas être cultivés.
4. Cultures d'enrichissement:
* Simulation d'environnements spécifiques: Les conditions environnementales sont simulées dans le laboratoire pour favoriser la croissance de bactéries spécifiques. Cette méthode n'implique pas la pleine culture mais peut enrichir la population de certaines bactéries, ce qui facilite leur étude.
5. Techniques de co-culture:
* Cultiver avec d'autres organismes: Certaines bactéries nécessitent la présence d'autres organismes pour se développer. En co-cultivant avec des espèces connues, les chercheurs peuvent parfois cultiver avec succès des bactéries auparavant incultivables.
Il est important de noter que ces méthodes ont chacune leurs forces et ses limites. Souvent, une combinaison d'approches est utilisée pour acquérir une compréhension plus complète des bactéries présentes dans un environnement particulier.
