Après l'implantation, l'embryon devient plus sensible aux agents tératogènes. En effet, les cellules commencent à se différencier et à se spécialiser en différents types de cellules. Si une cellule particulière est endommagée par un tératogène, elle risque de ne pas être en mesure de remplir sa fonction spécialisée, ce qui peut entraîner une anomalie congénitale.
Le type d’anomalie congénitale qui survient dépend du tératogène spécifique et du stade de développement auquel l’embryon est exposé. Certains agents tératogènes peuvent provoquer plusieurs anomalies congénitales, tandis que d’autres ne peuvent provoquer qu’une seule anomalie.
Il est important que les femmes évitent toute exposition à des agents tératogènes connus pendant la grossesse, en particulier au cours du premier trimestre, lorsque l'embryon est le plus vulnérable.