Auteurs :
*John Smith
* Jane Doe
*Michael Jones
Affiliations :
* Département de biologie végétale, Université de Californie, Davis
* Département d'écologie et de biologie évolutive, Université de l'Arizona
Résumé :
Les plantes envahissantes constituent une menace majeure pour les écosystèmes naturels du monde entier. Ils peuvent supplanter les plantes indigènes pour l’accès aux ressources, telles que l’eau et la lumière du soleil, et peuvent également modifier la chimie du sol et l’hydrologie d’une zone. Cela peut avoir un impact dévastateur sur les communautés végétales indigènes et sur les animaux qui en dépendent.
L’un des facteurs clés du succès des plantes envahissantes est leur capacité à s’adapter à de nouveaux environnements. Cela est souvent dû à des changements dans l’expression des gènes, qui peuvent entraîner des changements dans les caractéristiques des plantes, telles que le taux de croissance, la taille des feuilles et la structure des racines.
Afin de comprendre comment les plantes envahissantes s’adaptent à de nouveaux environnements, nous devons avoir une compréhension détaillée de leur transcriptome. Le transcriptome est l’ensemble de toutes les molécules d’ARN produites par une cellule. En étudiant le transcriptome, nous pouvons identifier les gènes exprimés et comment leur expression change en réponse à différentes conditions environnementales.
Dans cette étude, nous avons assemblé le transcriptome d'une mauvaise herbe nuisible, _Centaurea maculosa_. _C. maculosa_ est originaire d’Europe et d’Asie et est devenue envahissante en Amérique du Nord. Il s'agit d'une menace majeure pour les communautés végétales indigènes de l'ouest des États-Unis, où il peut former des peuplements denses qui excluent les autres plantes.
Nous avons utilisé une combinaison d'assemblage d'ARN-seq et de novo pour générer un assemblage de transcriptome de haute qualité pour _C. maculosa_. L'assemblage contient plus de 100 000 transcrits, qui représentent la grande majorité des gènes exprimés par la plante.
Nous avons également effectué une analyse différentielle de l'expression génique pour identifier les gènes différentiellement exprimés entre _C. maculosa_ plantes cultivées dans différents environnements. Nous avons constaté qu'un certain nombre de gènes étaient exprimés différemment entre les plantes cultivées dans un jardin commun et les plantes cultivées dans un champ. Ces gènes sont susceptibles d'être impliqués dans la réponse de la plante à différentes conditions environnementales.
L'assemblage du transcriptome et l'analyse différentielle de l'expression génique que nous avons générés dans cette étude fournissent de nouvelles ressources précieuses pour étudier comment _C. maculosa_ et d’autres plantes envahissantes s’adaptent aux nouveaux environnements. Ces ressources nous aideront à comprendre les mécanismes qui permettent aux plantes envahissantes de réussir et à développer de nouvelles stratégies pour contrôler leur propagation.
Mots clés :
* Assemblage du transcriptome
* Expression des gènes
* Plantes envahissantes
* _Centaurea maculosa_
