Les nématodes du sol représentent une composante majeure des communautés du sol dans les écosystèmes terrestres et jouent un rôle important dans la régulation du cycle des nutriments et de la santé du sol. La technologie de séquençage à haut débit est de plus en plus utilisée dans l'étude de la biodiversité des nématodes. Une étude récente démontre que la sélection de différentes amorces et bases de données a influencé l'annotation des taxons de nématodes, mais la diversité de la communauté de nématodes a montré des modèles cohérents entre les différents types de végétation.

Les résultats de l'étude soulignent qu'il est nécessaire de sélectionner des amorces et des bases de données appropriées en fonction du niveau taxonomique cible. La découverte est parue dans Soil Ecology Letters .

L'émergence du séquençage à haut débit a entièrement transformé le domaine de la taxonomie moléculaire, il peut capturer plus de détails sur la biodiversité. Même si la technologie de séquençage à haut débit est utilisée depuis plus de dix ans, le choix des amorces et des bases de données affectera les résultats du séquençage. Néanmoins, peu d'études ont évalué de manière exhaustive les impacts combinés de différentes amorces et bases de données sur l'identification des communautés de nématodes.

La montagne Changbai offre la plus grande gamme altitudinale d'habitats forestiers bien préservés dans le nord-est de la Chine. Le long du gradient d'altitude, des conditions environnementales variables telles que la température, l'humidité et le pH du sol ont entraîné une tendance évidente à la biodiversité. Ainsi, les différences de diversité et de composition des communautés de nématodes du sol dans la montagne Changbai fournissent une plate-forme idéale pour vérifier l'influence de différentes amorces et bases de données sur l'annotation du séquençage des nématodes.

L'étude a comparé deux paires d'amorces (3NDf/C_1132rmod et NF1F/18Sr2bR) et trois bases de données (bases de données NT_v20200604, Silva138/18s Eukaryota et PR2_v4.5) pour étudier les communautés de nématodes dans différents types de végétation le long du gradient d'altitude de la montagne Changbai.

Pour l'amorce 3NDF, le nombre de taxons annotés était différent entre les trois bases de données au niveau du genre et de l'espèce ; tandis que pour l'amorce NF1F, des différences significatives ont été trouvées au niveau de la famille entre les trois bases de données. Parmi les différentes bases de données, des différences ont également été découvertes dans les taxons de nématodes.

Plus le niveau taxonomique est fin, moins il y a de taxons partagés par les trois bases de données. Les schémas de distribution de la diversité des nématodes obtenus par différentes amorces et bases de données étaient similaires parmi les différentes végétations. Par conséquent, lors du choix des amorces et des bases de données, nous devons accorder plus d'attention au niveau de classification en fonction de nos besoins réels. En termes d'effet d'annotation dans cette étude, les amorces 3NDF avec la base de données NT pourraient fournir plus d'informations que d'autres combinaisons au niveau du genre ou de l'espèce.

Cette étude suggère que lorsque l'objectif principal est l'étude de la composition et de la taxonomie des espèces, la méthode de séquençage souffre toujours d'une mauvaise cohérence, de sorte que l'identification microscopique traditionnelle est toujours indispensable. Par conséquent, d'autres validations et études sont nécessaires à l'avenir pour comparer en profondeur les cohérences des méthodes morphologiques et moléculaires. De plus, malgré le développement rapide des techniques moléculaires, certaines bases de données contiennent encore des informations incomplètes. À l'avenir, nous devrions compléter davantage d'amorces et d'informations de base de données pour améliorer encore la précision de l'analyse moléculaire dans la recherche écologique sur les nématodes. + Explorer plus loin

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