* Les aquifères confinés sont situés entre deux couches de roches imperméables, contrairement aux aquifères libres. Cela signifie que les aquifères confinés sont protégés de la contamination par les eaux de surface et les polluants. Les aquifères libres, en revanche, sont plus susceptibles d’être contaminés car ils sont directement exposés à la surface.
* Les aquifères confinés sont généralement sous pression, contrairement aux aquifères non confinés. Cette pression est provoquée par le poids des couches rocheuses au-dessus de l'aquifère. La pression dans un aquifère confiné peut aider à faire monter l’eau à travers les puits et les sources. En revanche, les aquifères libres n’ont pas cette pression, il faut donc y pomper de l’eau.
* Les aquifères confinés peuvent être trouvés à n'importe quelle profondeur, tandis que les aquifères non confinés se trouvent généralement près de la surface. En effet, les aquifères libres sont rechargés par les eaux de surface, ils doivent donc être situés près de la surface pour recevoir cette recharge. Les aquifères confinés, en revanche, peuvent être trouvés à n’importe quelle profondeur, à condition qu’il y ait une couche de roche imperméable au-dessus d’eux pour les protéger de la contamination.
En général, les aquifères confinés constituent une source d’eau plus fiable et protégée que les aquifères libres. Cependant, les aquifères libres sont souvent plus accessibles et moins coûteux à exploiter.