Thinkstock/Stockbyte/Getty Images
La détermination de la concentration de microbes dans un échantillon est essentielle pour le contrôle de la qualité dans les laboratoires, la sécurité alimentaire et la surveillance environnementale. Une méthode éprouvée consiste à effectuer des dilutions en série, à étaler l’échantillon sur de la gélose, à incuber et à compter les colonies résultantes. Chaque colonie est issue d’une unité formant colonie (UFC) – une cellule unique ou un cluster qui peut se répliquer sur le milieu de croissance. En comptant les colonies sur des plaques contenant entre 30 et 300 colonies, les chercheurs peuvent calculer la charge microbienne en toute confiance.
Le simple fait d’étaler un échantillon brut sur une plaque de gélose produira une pelouse confluente de colonies, rendant les colonies individuelles impossibles à distinguer. Pour éviter cela, suspendez d’abord l’échantillon dans un milieu liquide, puis effectuez une série de 6 à 10 dilutions en série. En règle générale, 0,1 ml de chaque dilution est étalé sur une surface de gélose fraîche, étalé uniformément et incubé à la température appropriée pendant 4 à 7 jours. La période d'incubation permet à chaque UFC de se développer en une colonie visible et dénombrable.
Le comptage manuel nécessite une technique minutieuse. Placez la boîte de Petri sur une grille ou un recouvrement transparent et comptez les colonies dans chaque cellule de manière séquentielle. Marquer le dos du plat ou utiliser un système de pointage évite un double comptage. Pour des statistiques robustes, comptez au moins trois plaques par dilution et jetez les plaques qui se situent en dehors de la plage de 30 à 300 colonies ; ces plaques indiquent une sur- ou une sous-dilution et doivent être replacées.
Pour réduire les erreurs humaines et augmenter le débit, les compteurs de colonies automatisés capturent une image haute résolution de la plaque, segmentent les colonies à partir de l'arrière-plan et appliquent des algorithmes d'analyse d'image pour compter les colonies. Bien que cette technologie améliore la vitesse et la cohérence, elle peut avoir du mal à séparer les colonies qui se touchent sur les bords, une limitation qui continue de conduire aux améliorations logicielles.
Les unités formant des colonies peuvent être constituées de cellules uniques, de chaînes ou d'amas ; ainsi, l’hypothèse selon laquelle une colonie équivaut à une cellule peut sous-estimer la véritable densité microbienne. De plus, seuls les organismes qui prospèrent dans les milieux et conditions d'incubation sélectionnés formeront des colonies, de sorte que la méthode risque de manquer des cellules viables mais non cultivables. Enfin, le décompte des colonies ne tient pas compte des cellules mortes présentes dans l'échantillon d'origine.