Par John Brennan
Mis à jour le 30 août 2022
La technique des plaques bondées, mise au point par les chercheurs après la découverte de la pénicilline par Fleming en 1928, reste l'une des stratégies les plus anciennes et les plus accessibles pour repérer les microbes producteurs d'antibiotiques dans des échantillons environnementaux.
Un échantillon de sol ou d’environnement est dilué en série dans de l’eau stérile et étalé sur des plaques de gélose riches en nutriments. Les scientifiques sélectionnent des plaques qui produisent une densité élevée de colonies, puis inspectent les colonies à la recherche de zones d'inhibition claires autour des colonies voisines. De telles zones indiquent qu'un micro-organisme peut sécréter un composé qui supprime la croissance de ses voisins.
Les producteurs d'antibiotiques suspectés sont répartis sur des plaques fraîches pour obtenir des colonies pures. Les sous-cultures ultérieures confirment si l'inhibition observée est due à un composé antimicrobien sécrété ou simplement à un changement du pH local ou à d'autres facteurs environnementaux. Les isolats purs sont ensuite cultivés dans des milieux liquides pour l'extraction et la caractérisation biochimique.
Cette approche est remarquablement simple, ne nécessite que du matériel de microbiologie standard et peut donner des résultats en deux à trois jours. Il permet un dépistage rapide des organismes testés, y compris des agents pathogènes cliniquement pertinents, afin d'évaluer la valeur thérapeutique potentielle. La simplicité de la méthode la rend idéale pour les criblages préliminaires à haut débit dans les laboratoires universitaires et industriels.
Étant donné que le test repose sur une inhibition visible, il détecte uniquement les composés qui agissent rapidement contre les colonies voisines, ignorant potentiellement les agents à action plus lente ou à spectre étroit. Les composés identifiés peuvent cibler les bactéries du sol mais pas les agents pathogènes humains, et certains peuvent être toxiques pour les cellules humaines. De plus, seuls les micro-organismes qui commencent à produire des antibiotiques au cours de la courte période d'incubation sont capturés, ce qui signifie que les métabolites inducteurs tardifs ou conditionnels restent cachés.
