Par Allia Nelson – Mise à jour le 30 août 2022
Un arbre phylogénétique cartographie visuellement les voies évolutives qui relient les organismes à leurs ancêtres communs. Alors que la morphologie guidait autrefois ces diagrammes, les arbres modernes s'appuient sur des comparaisons de séquences d'ADN, offrant une vision précise et basée sur des données de la parenté.
Sélectionnez une espèce, une race ou une séquence nucléotidique représentative qui servira de point de référence pour l'arbre. Par exemple, une vache (Bos taurus) peut être utilisée pour explorer à quel point d'autres mammifères sont étroitement liés sur la base de marqueurs génétiques.
Un groupe externe est un organisme apparenté à distance qui ancre l'arbre et fournit une base pour l'enracinement des branches évolutives. Si le modèle est une vache, un groupe externe approprié pourrait être un poisson tel que Danio rerio . Plus l'exogroupe est éloigné du modèle, plus le point de branchement sur l'arbre est bas, ce qui représente une divergence plus ancienne.
Choisissez un ensemble de traits ou de motifs d'ADN qui sépareront les organismes. Les traits peuvent être phénotypiques :a quatre pattes , donne naissance vivante , fait pousser les cheveux -ou génotypique, comme la présence d'une séquence nucléotidique spécifique (par exemple, ATGGACACGGA ). Ces caractères deviennent les critères de fractionnement des branches.
Regroupez les organismes qui partagent chaque trait. Car le personnage a quatre jambes , les vaches, les moutons et les cerfs forment une branche, tandis que les poissons se branchent séparément. Visuellement, placez l’image de la vache dans le coin supérieur, le poisson dans le coin opposé et tracez une ligne en forme de V jusqu’à la base de l’affiche. Continuez à ajouter des traits et des ramifications jusqu'à ce que chaque organisme occupe une brindille unique.
Répétez le processus de séparation avec des traits supplémentaires (par exemple, a de la laine , a une queue duveteuse ) pour augmenter la résolution. Chaque nouveau trait crée un nouveau nœud, rapprochant l'arbre d'une représentation réaliste des relations évolutives. Un support statistique, tel que des valeurs d'amorçage, peut être ajouté à l'aide de logiciels comme MEGA ou PAUP* pour quantifier la confiance dans chaque branche.
Choisissez un ensemble d'organismes ou de séquences, définissez des traits ou des motifs distinctifs et divisez-les de manière itérative en branches pour révéler des relations évolutives.
Le placement phylogénétique est sujet à débat et nécessite un soutien solide. Les modèles mathématiques et les tests statistiques sont essentiels pour démontrer la probabilité de changements évolutifs. Même avec les données génétiques, des incertitudes demeurent, c'est pourquoi les arbres doivent être interprétés comme des hypothèses plutôt que comme des preuves définitives.
