Le dénombrement est la quantification précise des micro-organismes viables dans un échantillon, un outil essentiel en matière de sécurité alimentaire, d'analyse de l'eau et de diagnostic clinique. Même si le monde des microbes s'étend des bactéries aux virus, l'objectif reste le même :déterminer combien de cellules vivantes sont présentes.
Le comptage sur plaque, également connu sous le nom de méthode des unités viables ou formant colonie (UFC), est la référence en matière de dénombrement. Une dilution en série de l'échantillon est étalée sur des plaques de gélose, incubée et les colonies résultantes sont comptées. En multipliant le nombre de colonies par le facteur de dilution, le CFU/mL ou CFU/g d'origine est calculé.
Bien qu’une numération sur plaque ne révèle pas de cellules individuelles (puisqu’une seule colonie peut provenir d’une ou de plusieurs cellules), elle fournit une estimation très fiable de la population viable. La technique est approuvée par la norme ISO4833-1 et est largement utilisée dans les laboratoires de microbiologie du monde entier.
La microscopie offre un moyen direct de compter les cellules, quelle que soit leur viabilité. Un échantillon est divisé en plusieurs chambres égales et le nombre moyen de cellules par chambre est déterminé au microscope. Cette moyenne est ensuite extrapolée à l'ensemble de l'échantillon.
La principale limitation est de distinguer les cellules vivantes des cellules mortes ; les méthodes de coloration (par exemple, LIVE/DEAD BacLight) peuvent améliorer la précision mais ajouter de la complexité.
Dans les tests de turbidité, le trouble d'un échantillon liquide est mesuré par spectrophotométrie. La densité optique est en corrélation avec la densité cellulaire, permettant l'estimation des comptes viables grâce à une courbe standard dérivée d'échantillons CFU connus.
La précision dépend d'une courbe d'étalonnage bien établie et du maintien de faibles concentrations de cellules pour éviter l'auto-ombre. Des comparaisons visuelles de la turbidité sont également utilisées, faisant correspondre la nébulosité de l'échantillon à une référence de comptage connu.
La détermination de la masse consiste à peser le matériel biologique présent dans un échantillon et à le comparer à une courbe standard de nombre de cellules connues, ce qui donne une population estimée.
Les tests d'activité mesurent les produits métaboliques, tels que le CO₂, le lactate ou l'ATP, produits par les microbes. En comparant le niveau de produit à une courbe d'étalonnage, le nombre de cellules actives peut être déduit.
Chaque méthode de dénombrement équilibre précision, rapidité et praticité. Pour les applications critiques, la combinaison de plusieurs techniques permet d'obtenir l'évaluation la plus robuste de la charge microbienne.