Il a mené une série d'expériences célèbres dans les années 1860, en utilisant des flacons à col de cygne. Ces expériences ont démontré de manière concluante que:
* Les micro-organismes ne génèrent pas spontanément à partir de matières non vivantes.
* La vie ne peut résulter que de la vie préexistante.
Le travail de Pasteur a réfuté la théorie dominante de la génération spontanée et a fourni un fort soutien à la théorie de la biogenèse.