1. Données utilisées:
* différents types de données: Les analyses utilisant différents types de données (par exemple, la morphologie par rapport aux séquences d'ADN) peuvent conduire à différentes topologies d'arbres car différents caractères fournissent des signaux phylogénétiques différents.
* différents sous-ensembles de données: Même si le même type de données est utilisé, l'analyse de différents sous-ensembles de caractères (par exemple, en utilisant uniquement des gènes codant pour les protéines au lieu de tous les gènes) peut conduire à différents résultats.
* Qualité des données différentes: Les erreurs dans les données (par exemple, l'identification erronée des taxons, les erreurs de séquençage) peuvent influencer les résultats.
2. Méthodes analytiques:
* Différentes méthodes phylogénétiques: Différentes méthodes font des hypothèses différentes sur la façon dont l'évolution du caractère se produit. Par exemple, la parcimonie, le maximum de vraisemblance et l'inférence bayésienne utilisent différents critères d'optimalité et peuvent conduire à différentes topologies d'arbres.
* Paramètres de modèle différents: Même dans la même méthode, différents paramètres du modèle (par exemple, les taux évolutifs, les modèles de substitution) peuvent affecter les résultats.
* différents algorithmes de recherche: Les algorithmes spécifiques utilisés pour rechercher le meilleur arbre peuvent avoir un impact sur les résultats. Certains algorithmes peuvent être plus susceptibles de trouver l'optima local plutôt que l'optimum global.
3. Facteurs biologiques:
* Transfert de gènes horizontaux: Dans certains cas, les gènes peuvent être transférés horizontalement entre les espèces non liées. Cela peut rendre difficile la déduction d'un seul arbre précis.
* Tri de la lignée incomplète: Lorsque des espèces étroitement apparentées divergent rapidement, certains polymorphismes ancestraux peuvent être conservés dans différentes lignées, conduisant à des signaux phylogénétiques trompeurs.
* Évolution convergente: Des traits similaires peuvent évoluer indépendamment dans différentes lignées en raison de pressions environnementales similaires, ce qui rend difficile la distinction de l'homologie de l'homoplasie.
4. Stochasticité:
* L'inférence phylogénétique est probabiliste: Même avec les mêmes données et méthode, il y a toujours un certain degré d'incertitude dans les relations inférées, en particulier avec des données limitées. Cette stochasticité inhérente peut conduire à différentes topologies d'arbres.
en résumé:
Différentes topologies d'arbres peuvent résulter d'une interaction complexe de facteurs liés aux données, aux méthodes analytiques, aux processus biologiques et à la stochasticité inhérente. Il est important de considérer tous ces facteurs lors de l'interprétation des résultats phylogénétiques et d'être conscient des limites de toute analyse unique.
