Voici pourquoi:
* Classification traditionnelle: Avant la compréhension de la diversité de Prokaryote, les deux catégories principales étaient les plantes et animaux . Ce système, basé sur les caractéristiques visibles, ne rendait pas correctement les micro-organismes.
* Système à cinq kingdoms: Le système Five-Kingdom (Monera, Protista, champignons, Plantae, Animalia) a été proposé par Robert Whittaker en 1969. Il a reconnu les procaryotes comme un royaume séparé, Monera . Cependant, il n'a toujours pas pleinement capturé l'immense diversité au sein des procaryotes.
* Système à trois domaines: Carl Woese, basé sur l'analyse de l'ARN ribosomal, a proposé le système à trois domaines En 1977. Ce système a reconnu que les procaryotes sont si fondamentalement différents des eucaryotes qu'ils devraient être séparés en deux domaines distincts: bactéries et archaea . Les eucaryotes forment le troisième domaine, eucarya .
Le développement du niveau de domaine a permis une représentation plus précise des relations évolutives entre toutes les formes de vie. Ce schéma de classification reconnaît la grande diversité au sein des procaryotes et reconnaît leur histoire évolutive unique.
