1. Protéines:
* Séquences d'acides aminés: La comparaison des séquences d'acides aminés de protéines homologues (protéines avec des ascendances partagées) peut révéler des relations évolutives. En effet, les mutations s'accumulent au fil du temps, entraînant des différences dans les séquences d'acides aminés entre les espèces.
* Structure des protéines: La structure tridimensionnelle des protéines peut également être informative. Des structures protéiques similaires reflètent souvent l'histoire évolutive partagée.
2. Glucides:
* Structure polysaccharide: Bien que moins couramment utilisé que les protéines ou l'ADN, la structure des glucides complexes (comme celles trouvées dans les parois cellulaires) peut être informative, en particulier pour étudier les relations entre les espèces étroitement apparentées.
3. Lipides:
* Composition d'acides gras: La composition des acides gras dans les membranes peut être utilisée pour étudier les relations évolutives, en particulier entre les bactéries et les archées.
4. Métabolites:
* Pathways métaboliques: La comparaison des enzymes et des voies impliquées dans le métabolisme peut révéler des connexions évolutives. Les organismes avec des voies métaboliques similaires sont susceptibles d'être plus étroitement liés.
5. Petites molécules:
* Métabolites secondaires: Ce sont de petites molécules produites par des organismes qui ne sont pas directement impliqués dans les processus métaboliques essentiels mais jouent souvent des rôles dans la défense, la signalisation ou d'autres fonctions. La présence ou l'absence de métabolites secondaires spécifiques peut être utilisée pour déduire les relations.
Facteurs à considérer:
* Taux d'évolution: Différentes molécules évoluent à différents taux. Par exemple, l'ADN évolue relativement lentement, tandis que les protéines peuvent évoluer plus rapidement. Le choix de la molécule devrait être approprié pour l'échelle de temps des relations évolutives étudiées.
* Disponibilité des données: La disponibilité de séquences ou de données structurelles pour la molécule en question est essentielle pour l'analyse.
* Homologie: S'assurer que les molécules comparées sont vraiment homologues (partager un ancêtre commun) est crucial pour une inférence évolutive précise.
Il est important de noter que l'utilisation d'une combinaison de différentes sources de données moléculaires fournit la compréhension la plus robuste et la plus complète des relations évolutives. Cette approche, connue sous le nom de phylogénome , exploite les forces de chaque type de molécule pour créer un arbre évolutif plus précis et plus détaillé.
