Plus précisément, ceux qui causent une maladie sont appelés protozoaires pathogènes . Ils sont responsables d'un large éventail d'infections chez l'homme et les animaux. Certains exemples de protozoaires pathogènes comprennent:
* amibas (comme _entamoeba histolytica_) qui provoquent l'amiebiase, une infection intestinale grave.
* flagellate (comme _giardia lamblia_) qui provoquent la giardiase, une infection intestinale commune.
* Sporozoans (comme _plasmodium falciparum_) qui provoquent le paludisme, une maladie mortelle transmise par les moustiques.
* ciliates (comme _Balantidium coli_) qui peut provoquer une dysenterie, une infection intestinale.
Ces protozoaires causent des dommages en libérant des enzymes ou des toxines qui tuent les cellules et perturbent la fonction des tissus.