* membrane externe: Cette membrane est lisse et perméable, permettant aux petites molécules de passer.
* membrane intérieure: Cette membrane est repliée en Cristae, ce qui augmente la surface pour la production d'ATP. Il est moins perméable et contient de nombreuses protéines impliquées dans la chaîne de transport d'électrons et la phosphorylation oxydative.
L'espace entre les deux membranes est appelé espace intermembranaire et l'espace enfermé par la membrane intérieure est appelé matrice .