Bien qu'il ne soit pas techniquement inventé au XVIe siècle (les premiers microscopes rudimentaires sont apparus plus tôt), c'est au cours de cette période que le microscope composé a été développé, permettant un grossissement beaucoup plus élevé et révéler le monde caché des structures microscopiques. Cela a été crucial dans le développement de la théorie des cellules, car il a permis aux scientifiques comme Robert Hooke d'observer et de décrire la structure cellulaire des plantes et d'autres matériaux pour la première fois.