Cependant, plusieurs groupes présentent des défis aux systèmes de classification traditionnels:
* Prokaryotes: Les bactéries et les archées ont été initialement classées comme un seul royaume, Monera. Cependant, leur grande diversité et leurs caractéristiques uniques ont conduit à leur séparation en deux domaines. Leur structure simple et leur manque d'organites liés à la membrane les rendent difficiles à classer en utilisant des méthodes traditionnelles.
* Virus: Les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants car ils n'ont pas les caractéristiques de la vie, comme la structure cellulaire et le métabolisme indépendant. Ils existent à la frontière entre la vie et la non-vie et ne peuvent être classés en aucun royaume existant.
* extrémophiles: Les organismes qui prospèrent dans des environnements extrêmes (comme les sources chaudes, les environnements très acides ou alcalins) ont souvent des adaptations uniques qui remettent en question les systèmes de classification traditionnels. Leurs conditions extrêmes les rendent difficiles à étudier et à classer.
* hybrides: Les organismes résultant de l'interdiction de différentes espèces peuvent brouiller les lignes de classification. Leur composition génétique combine les traits des deux espèces parents, ce qui les rend difficiles à placer dans un cadre taxonomique strict.
* Organismes nouvellement découverts: Alors que les scientifiques continuent de découvrir de nouvelles formes de vie, ils peuvent ne pas s'adapter parfaitement aux systèmes de classification existants. La découverte de nouvelles espèces avec des caractéristiques uniques peut forcer une réévaluation des schémas de classification existants.
En fin de compte, la classification des organismes est un processus continu. À mesure que notre compréhension de la biologie se développe, nous pouvons découvrir de nouvelles façons de classer les organismes et d'affiner les systèmes existants.
