Une différence majeure entre le domaine Eukarya et les bactéries des domaines et les archées est la présence d'un noyau .

* cellules eucaryotes (Le domaine eukarya) ont un vrai noyau enfermé dans une membrane, où leur matériel génétique (ADN) est stocké.

* cellules procaryotes (Les bactéries des domaines et les archées) n'ont pas de noyau. Leur ADN est situé dans une région appelée nucléoïde , qui n'est pas enfermé par une membrane.