* Isolement reproductif: Comme beaucoup d'autres animaux, différentes espèces de chauves-souris ont évolué des comportements d'accouplement distincts, des appels et des caractéristiques physiques. Ces différences agissent comme des obstacles à la croisement.
* Différences génétiques: Même si deux espèces parviennent à s'accoupler, leur ADN est souvent trop différent pour produire une progéniture viable. Les embryons résultants peuvent ne pas se développer correctement, ou la progéniture peut être stérile.
* Spécialisation écologique: Les espèces de chauves-souris ont souvent des régimes et des habitats spécialisés, qui contribuent à leur isolement reproductif. Cela signifie qu'ils peuvent même ne pas se rencontrer dans la nature pour s'accoupler.
Cependant, il y a eu de rares cas d'hybridation, en particulier au sein des espèces étroitement apparentées. Par exemple, certains chercheurs ont documenté des cas d'inhabituel entre le * Myotis lucifugus * (Little Brown Bat) et * Myotis yumanensis * (Yuma myotis). Mais ces cas sont généralement considérés comme des exceptions plutôt que la règle.
En bref, bien qu'il ne soit pas impossible que les chauves-souris de différentes espèces soient enracinées, elle est très inhabituelle et entraîne souvent une progéniture non viable.
