C'est une excellente question! Les endonucléases ne coupent pas vraiment l'ADN "entre" les extrémités 5 'et 3'. Ils ont coupé dans le brin d'ADN lui-même, et leur activité est déterminée par la séquence de bases qu'ils reconnaissent. Voici pourquoi:

* Structure d'ADN: L'ADN est une double hélice composée de deux brins antiparallèles. Un brin fonctionne 5 «à 3», et l'autre fonctionne 3 «à 5».

* cibles des endonucléases: Les endonucléases sont des enzymes qui brisent les liaisons phosphodiester dans un brin d'ADN. Ils ont des sites de reconnaissance spécifiques, qui sont de courtes séquences de bases.

* Spécificité de la coupe: Une endonucléase ne fera que le site de reconnaissance, indépendamment de la directionnalité globale de 5 à 3 'du brin d'ADN.

Voici un exemple simplifié:

Imaginez qu'une endonucléase reconnaît la séquence "GAATTC". Il coupera dans cette séquence, que le brin sur lequel il agisse soit le brin de 5 'à 3' ou le brin de 3 'à 5'.

en résumé: Les endonucléases ne coupent pas "entre" les extrémités 5 'et 3' de la molécule d'ADN. Ils coupent * dans * le brin à des séquences spécifiques qu'ils reconnaissent. Leur action est dictée par la séquence de base et non par la directionnalité du brin d'ADN.