Le zygote de Rhizopus résulte de l'union de deux hyphes haploïdes. Le zygote mature est multinucléé et subit la méiose pour former quatre noyaux haploïdes. Ces noyaux migrent ensuite vers la périphérie du zygote et sont entourés de parois cellulaires, formant quatre nouveaux hyphes haploïdes.
Les structures trouvées de chaque côté du zygote Rhizopus sont appelées rhizoïdes. Les rhizoïdes sont des hyphes qui poussent à partir du zygote et aident à l'ancrer au substrat. Les rhizoïdes absorbent également les nutriments du substrat et les transportent vers le zygote.
