Au cours de la dernière décennie, les scientifiques ont décrit des centaines de nouveaux virus susceptibles de passer entre la faune et les humains. Mais comment peuvent-ils savoir lesquels sont les plus à risque de débordement et donc lesquels prioriser pour une surveillance plus poussée chez les personnes ?

Des scientifiques de l'Université de Californie à Davis ont créé des modèles basés sur des réseaux pour hiérarchiser les virus nouveaux et connus en fonction de leur risque de transmission zoonotique, c'est-à-dire lorsque des maladies infectieuses se transmettent entre les animaux et les humains.

Leur étude, publiée dans la revue Communications Biology , fournit une preuve supplémentaire que les coronavirus sont les plus à risque de propagation et devraient continuer à être prioritaires pour une surveillance et une recherche renforcées.

Les modèles d'apprentissage automatique ont été conçus par l'EpiCenter for Disease Dynamics de l'UC Davis One Health Institute de l'École de médecine vétérinaire.

Priorité aux nouveaux virus

Les modèles ont révélé que les nouveaux virus de la famille des coronavirus devraient avoir un plus grand nombre d'espèces comme hôtes. Ceci est cohérent avec les virus connus, indiquant que cette famille de virus devrait être la plus prioritaire pour la surveillance.

Les scientifiques ont créé un score de priorisation pour chaque virus afin de mesurer le risque de transmission zoonotique.

"Alors que la surveillance se développe, nous espérons être inondés de données associées aux virus", a déclaré l'auteur principal et épidémiologiste vétérinaire Pranav Pandit, chercheur à l'UC Davis One Health Institute. "Ces outils nous aideront à comprendre le risque lié aux nouveaux virus, ce qui peut aider à nous préparer à de futures pandémies."

Changement environnemental et connexions virales

Le modèle utilise un réseau d'hôtes de virus basé sur les données pour quantifier la probabilité que les humains soient les hôtes de plus de 500 virus nouvellement découverts entre 2009 et 2019. Cela découle de recherches sur la surveillance de la faune menées en Afrique, en Asie et en Amérique latine par un consortium de enquêteurs.

Les réseaux hôtes-pathogènes donnent un aperçu de l'écologie des virus et de leurs hôtes, ce qui est essentiel pour comprendre le risque que ces virus posent pour la santé humaine. Ceci est particulièrement important dans un climat et un environnement changeants. À mesure que le paysage change et que les espèces changent et se déplacent en réponse, le risque de transmission virale entre les espèces peut augmenter.

"Cette étude montre comment différentes espèces sauvages sont liées par les virus qu'elles partagent", a déclaré l'auteur correspondant Christine Johnson, professeure d'épidémiologie et de santé des écosystèmes à UC Davis et directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics. "Le changement environnemental est un moteur majeur du déplacement des espèces. La façon dont les virus interagissent avec différents hôtes dans un environnement changeant est essentielle pour comprendre le risque qu'ils représentent pour la santé humaine."

Hautes priorités

En plus des coronavirus, le modèle a également classé plusieurs paramyxovirus comme des priorités élevées pour les travaux futurs. Les maladies associées à cette famille de virus comprennent la rougeole, les oreillons et les infections des voies respiratoires.

"Caractériser des centaines de virus prend beaucoup de temps et nécessite une hiérarchisation", a déclaré Pandit. "Notre approche basée sur le réseau aide à identifier les premiers signaux dans les trajectoires écologiques et évolutives de ces virus. Elle peut également aider à éclairer les liens manquants entre les virus et leurs hôtes." + Explorer plus loin

Une nouvelle application Web classe le risque de propagation des virus nouvellement détectés