La séquence d'anticodon de l'ARNt doit être complémentaire de la séquence de codons de l'ARNm. Cela signifie que les bases de l'anticodon doivent être capables de former des liaisons hydrogène avec les bases du codon. Par exemple, l'anticodon UAC serait capable de se lier au codon AUG, car le U de l'anticodon formerait des liaisons hydrogène avec le A du codon, et le C de l'anticodon formerait des liaisons hydrogène avec le G du codon.

En plus de la séquence d'anticodon, la structure globale de la molécule d'ARNt joue également un rôle pour déterminer si elle peut ou non se lier à un ARNm. La molécule d'ARNt doit être capable de se replier dans une forme spécifique permettant à l'anticodon d'être exposé et accessible à l'ARNm. Cette forme est déterminée par les interactions entre les différentes bases de la molécule d’ARNt, ainsi que par les interactions entre la molécule d’ARNt et d’autres protéines.

Enfin, la liaison d’une molécule d’ARNt à un ARNm est également influencée par la présence d’autres molécules, comme les ions magnésium et le GTP. Ces molécules aident à stabiliser l’interaction entre l’ARNt et l’ARNm, et elles contribuent également à garantir que la molécule d’ARNt correcte est liée à l’ARNm.