La base fonctionnelle d'un microscope est la partie qui abrite les commandes du microscope et assure la stabilité du microscope. La base de fonctions comprend généralement un interrupteur d'alimentation, un contrôle d'intensité et des boutons de mise au point. Il peut également comprendre une platine, qui est une plate-forme sur laquelle l'échantillon est placé, et un condenseur, qui est une lentille qui concentre la lumière sur l'échantillon. La base fonctionnelle est généralement dotée d'une base lourde et stable qui l'empêche de bouger lorsque le microscope est utilisé.