Les plasmides autotransmissibles possèdent les gènes nécessaires pour assurer leur transfert d'une cellule bactérienne à une autre sans nécessiter aucun élément génétique mobile supplémentaire. Habituellement, ces plasmides codent pour un système de sécrétion complet de type IV (T4SS), les composants nécessaires à la synthèse d'un pilus et les protéines nécessaires au traitement et au transfert de l'ADN plasmidique du donneur à la cellule receveuse. Le plasmide F d'Escherichia coli est un exemple typique de plasmide autotransmissible et contient un groupe de gènes nécessaires à sa propre transmission, appelés gènes tra (gènes de transfert). Ces gènes codent pour des protéines impliquées dans la formation de pili conjugatifs, la reconnaissance des cellules réceptrices, le transfert de l'ADN plasmidique et la régulation du processus d'accouplement.