1. Ingestion : Les protistes qui ingèrent de la nourriture engloutissent leur proie entière, utilisant des vacuoles alimentaires temporaires pour la digérer. Cette méthode est utilisée par les amibes, les paramécies et d’autres ciliés.

2. Osmose : Les protistes qui absorbent les aliments par osmose absorbent les nutriments dissous à travers leurs membranes cellulaires. Cette méthode est utilisée par certaines espèces de flagellés et de dinoflagellés.

3. Pinocytose : La pinocytose est un processus par lequel les protistes absorbent des liquides et des solutés en formant de petites poches dans leurs membranes cellulaires. Cette méthode est utilisée par certaines espèces d'amibes et de ciliés.