1. Examen et préparation :
- Ouvrir soigneusement le paquet commercial de champignons, en conservant toute information sur l'emballage qui pourrait fournir des indices sur l'origine ou la source des champignons.
- Retirez délicatement les champignons de l'emballage en prenant soin de ne pas endommager les structures délicates.
- Préparez les champignons pour un examen détaillé en nettoyant délicatement toute terre ou débris avec une brosse douce.
2. Examen Morphologique :
- Utiliser une loupe ou un microscope pour observer de près les caractéristiques morphologiques des champignons, notamment :
- Forme et taille du corps fructifère
- Présence et couleur d'un chapeau, d'une tige et de branchies
- Texture des surfaces du capuchon et de la tige
- Couleur de l'empreinte des spores
3. Analyse microscopique :
- Préparer des lames microscopiques de structures importantes telles que la morphologie des spores, les basides, les cystides, les hyphes et toute autre structure distinctive.
- Utilisez des colorants spécialisés, tels que le bleu de coton au lactophénol ou le réactif de Melzer, pour améliorer des composants cellulaires spécifiques et faciliter l'observation.
4. Extraction d'ADN :
- En suivant les instructions du fabricant, extrayez l'ADN génomique d'un petit échantillon de champignons à l'aide d'un kit d'extraction d'ADN disponible dans le commerce.
5. Amplification PCR :
- Concevoir des amorces pour des régions spécifiques de l'ADN, telles que la région de l'espaceur transcrit interne (ITS), qui sont couramment utilisées pour l'identification fongique.
- Effectuer une réaction en chaîne par polymérase (PCR) en utilisant l'ADN extrait et les amorces conçues.
6. Séquençage de l'ADN :
- Purifier les produits PCR et les envoyer au séquençage Sanger qui fournit la séquence ADN de la région cible.
7. Recherche BLAST et analyse de données :
- Comparez la séquence d'ADN obtenue avec des séquences fongiques connues à l'aide de la base de données BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).
- Analyser les similarités de séquence et toute information taxonomique disponible pour déterminer si les champignons correspondent à des espèces connues ou s'ils représentent une espèce non décrite.
8. Analyse phylogénétique :
- Si les champignons présentent une divergence significative par rapport aux espèces connues, effectuez une analyse phylogénétique pour déduire sa relation évolutive avec d'autres espèces décrites.
9. Description taxonomique :
- Sur la base des analyses morphologiques, microscopiques et moléculaires, établir une description taxonomique détaillée des champignons. Cela comprend :
- Nom du genre et de l'espèce (si non décrit)
- Description détaillée des caractéristiques morphologiques
- Caractéristiques des séquences d'ADN
- Informations sur la situation géographique et l'habitat
- Importance écologique potentielle
10. Publication :
- Soumettre la description taxonomique à une revue scientifique ou à une base de données pertinente, accompagnée d'images et de données à l'appui, pour publication formelle et reconnaissance de la nouvelle espèce.
En combinant l'examen morphologique, l'analyse microscopique, les techniques moléculaires et l'expertise taxonomique, il est possible d'identifier et de décrire rapidement les espèces non décrites trouvées dans un paquet commercial de champignons. Cela contribue à notre compréhension de la diversité fongique et fournit des informations précieuses pour les études écologiques, les efforts de conservation et l’avancement des connaissances mycologiques.
