Photographie d'Ipuh, le rhinocéros de Sumatra ( Dicerorhinus sumatrensis ) au zoo de Cincinnati. Crédit :Tom Uhlman
Le rhinocéros de Sumatra ( Dicerorhinus sumatrensis ) est l'un des mammifères les plus menacés sur terre. En 2011, seulement 200 rhinocéros environ vivaient encore à l'état sauvage. Maintenant, une équipe internationale de chercheurs a séquencé et analysé le premier génome de rhinocéros de Sumatra à partir d'un échantillon appartenant à un mâle rendu célèbre au zoo de Cincinnati. Cette étude a rapporté dans Biologie actuelle le 14 décembre montre que les troubles pour les populations de rhinocéros de Sumatra ont commencé il y a longtemps, vers le milieu du Pléistocène, il y a environ un million d'années.
La nouvelle compréhension de l'histoire démographique des rhinocéros est utile pour placer l'état actuel de la population de l'espèce dans un contexte écologique et évolutif plus large, disent les chercheurs.
« Nos données de séquence du génome ont révélé que le Pléistocène était une montagne russe pour les populations de rhinocéros de Sumatra, " dit Herman Mays, Jr., de l'Université Marshall.
"Cette espèce est en voie d'extinction depuis très longtemps, " ajoute Terri Roth du Center for Conservation and Research of Endangered Wildlife du zoo et jardin botanique de Cincinnati.
La population de rhinocéros de Sumatra a culminé à un moment où les preuves fossiles montrent une invasion de mammifères continentaux dans le Sundaland (une région biogéographique de l'Asie du Sud-Est), environ 900, il y a 000 ans, selon les chercheurs. Vers 12h, Il y a 000 ans, la fin du Pléistocène, de nombreux grands mammifères avaient souffert, et les rhinocéros de Sumatra ne faisaient pas exception.
L'élévation du niveau de la mer a submergé le corridor du Sundaland, et des ponts terrestres reliant les îles de Bornéo, Java, et Sumatra à la péninsule malaise et à l'Asie continentale ont disparu dans l'océan. Très probablement en conséquence, disent les chercheurs, la population de rhinocéros a diminué en tant qu'habitat convenable est devenu de plus en plus fragmenté. Depuis cette époque, Les populations de rhinocéros de Sumatra n'ont fait que diminuer davantage en raison des pressions croissantes liées à la perte d'habitat et à la chasse.
Photographie d'Ipuh, le rhinocéros de Sumatra ( Dicerorhinus sumatrensis ) au zoo de Cincinnati. Crédit :Tom Uhlman
"Leur population a touché le fond et n'a jamais montré de signes de reprise, " dit Mays.
Les chercheurs sont arrivés à ces conclusions en utilisant une approche appelée coalescence markovienne séquentielle par paires (PSMC). Le PSMC permet d'élucider l'histoire d'une population d'une espèce à partir de la séquence du génome d'un seul individu, ce qui est particulièrement important pour l'étude des espèces rares ou éteintes. L'équipe a combiné le PSMC avec la modélisation de niche écologique pour comprendre comment les changements dans la taille de la population étaient liés au changement climatique dans le passé.
Les chercheurs estiment que la population de rhinocéros de Sumatra a culminé à une taille effective estimée de la population d'environ 57, 800 individus environ 950, il y a 000 ans. (La taille effective de la population est la taille d'une population compatible avec la diversité génétique de cette population. Elle donne une estimation du nombre d'individus reproducteurs contribuant à une population.) Par 9, il y a 000 ans, la preuve du génome suggère, la taille effective de la population a été réduite à seulement environ 700 rhinocéros de Sumatra. Les résultats suggèrent que le changement climatique dans un passé lointain a réduit la diversité génétique des rhinocéros de Sumatra, les laissant encore plus vulnérables aux pressions ultérieures de l'activité humaine.
Photographie d'Ipuh, le rhinocéros de Sumatra ( Dicerorhinus sumatrensis ) au zoo de Cincinnati. Crédit :Tom Uhlman
L'échantillon d'ADN que Mays et son équipe ont séquencé appartenait à un rhinocéros nommé Ipuh, après la localité de l'île de Sumatra où il a été recueilli à l'origine. Ipuh a vécu au zoo de Cincinnati pendant 22 ans jusqu'à sa mort en 2013, et ses restes sont toujours exposés au Cincinnati Museum Center. Roth rapporte que deux des fils d'Ipuh continuent de vivre au sanctuaire des rhinocéros de Sumatra à Sumatra. L'un d'eux a déjà engendré deux veaux.
"L'espèce de rhinocéros de Sumatra ne tient qu'à un fil, " dit Roth. "Nous devons faire plus pour le sauver."
