Vous êtes-vous déjà demandé ce qui fait un sol, sol? Et le sol de la forêt amazonienne pourrait-il vraiment être le même que le sol de votre jardin ?

Chercheurs de l'Institut néerlandais d'écologie (NIOO-KNAW) et de l'Université de Manchester, ROYAUME-UNI, utilisent le séquençage de l'ADN pour percer les secrets des différents sols du monde et, pour la première fois, analyser les modèles écologiques et les communautés microbiennes à l'échelle mondiale.

L'équipe de recherche, composé de 36 scientifiques du monde entier, a rassemblé et analysé des données sur les bactéries du sol de 21 pays différents. En tout, ils ont examiné plus de 1900 sols, contenant plus de 8000 groupes bactériens.

L'étude, qui est publié dans Microbiologie naturelle aujourd'hui, donne un nouvel aperçu des bactéries qui font d'un sol un sol, et comment nos sols fonctionnent et répondent aux défis mondiaux, comme le changement climatique.

La recherche a révélé que certains groupes de bactéries apparaissent toujours dans le sol, peu importe où il est collecté sur la planète. Peu importe que ce soit dans un champ au Royaume-Uni ou sur le sol forestier de la forêt amazonienne, ils sont constants. Mais d'autres bactéries sont plus difficiles, et c'est à ceux-là qu'il faut faire attention, disent les chercheurs. C'est parce que ces bactéries pourraient détenir des indices sur ce qui rend certains sols plus fertiles et excellents pour la plantation de cultures par rapport à d'autres.

Dr Kelly Ramirez, de NIOO-KNAW, explique :"Quand on voit un cactus, nous savons que nous sommes dans un désert, quand on voit un palmier on sait qu'on est sous les tropiques, et quand nous voyons une herbe, nous pourrions être presque n'importe où. Cette même idée, que les espèces indiquent un habitat, est vrai pour les sols, mais au lieu d'utiliser des plantes, nous utilisons des bactéries du sol. Mais si vous deviez ramasser une poignée de terre de votre jardin, d'une forêt, ou même un pré, il serait probablement difficile de faire la différence."

Cependant, les communautés microbiennes qui vivent dans les sols du monde sont plus diversifiées et contiennent plus d'individus que tout autre groupe d'espèces sur la planète, et peut nous en dire beaucoup sur leurs origines.

Docteur Franciska de Vries, de l'École des sciences de la terre et de l'environnement de l'Université de Manchester (SEES), a ajouté :« Dans le sol, ces bactéries aident les plantes à pousser, cycler le carbone et maintenir le fonctionnement de nos écosystèmes. Les scientifiques du monde entier étudient ces bactéries importantes, mais ils utilisent tous des techniques différentes et garder toutes les informations organisées est un défi. Nous avons donc décidé d'essayer de trouver un moyen de consolider toutes les recherches et de les rassembler. »

C'est alors que le Dr Chris Knight, également de SEES et du co-auteur de l'article, apporté son expertise à l'étude. Expert en modélisation microbienne et computationnelle, il a utilisé une technique spécifique qui pouvait accueillir des milliers d'espèces bactériennes. La méthode de « machine learning » a permis à l'équipe d'évaluer toutes les espèces et de les faire correspondre à différents facteurs environnementaux et entre elles.

Le Dr Knight a ajouté :« Il en a résulté une image nouvelle et plus claire des rôles de groupes particuliers de bactéries dans la formation des communautés de bactéries du sol. Certaines bactéries sont courantes, mais combien se retrouvent dans un sol particulier a plus à voir avec les détails de la façon dont ils ont été mesurés que de réelles différences entre les sols. Certains sont si rares que vous ne les voyez que dans une poignée de sols de toutes sortes, qui ne dit pas grand chose. Mais entre les deux, il existe des familles de bactéries informatives qui indiquent de réelles différences entre les types de sol. »