Une nouvelle technique conçue par des chercheurs de l'Université d'État de Caroline du Nord et de l'Université de Calgary fournit un regard plus approfondi sur la composition et l'activité au sein des communautés microbiennes - la vie microscopique dans notre corps et tout autour de nous.

Plutôt que de se fier à une enquête sur le nombre de microbes présents dans un certain échantillon, la nouvelle technique tente d'évaluer la biomasse - l'abondance de protéines - de ces microbes, qui comprennent des bactéries, virus et autres formes de vie minuscules. Les communautés microbiennes jouent un rôle important dans la santé et les maladies animales et végétales, ainsi que dans des processus environnementaux importants tels que la décomposition de la matière organique et le cycle des nutriments dans les sols et les océans. Les études sur ces communautés se sont multipliées ces dernières années.

Manuel Kleiner, un professeur assistant de l'État de Caroline du Nord en biologie végétale et microbienne et auteur correspondant d'un article qui rend compte de la recherche, dit que les différences dans l'évaluation des communautés microbiennes peuvent être comparées aux différences entre un recensement de quartier et une étude plus approfondie de ce quartier.

« La plupart des études sur les communautés microbiennes actuelles sont comme un recensement des types de microbes présents dans une communauté et du nombre, qui fournit de bonnes informations de base, " Kleiner a dit. " Nous cherchons quelque chose de plus profond, notre technique peut donc être comparée à interroger les habitants du quartier pour mieux comprendre qui ils sont, ce qu'ils font et combien ils contribuent à leur communauté.

« En ce qui concerne les communautés microbiennes, cet examen plus approfondi signifie examiner la biomasse de ces microbes - ce qui nous donne de meilleurs indices sur l'activité et l'influence microbiennes. Jusqu'à maintenant, nous n'avons pas eu de moyen de quantifier les membres individuels des communautés microbiennes en fonction de la masse. "

Pour tester la nouvelle méthode, les chercheurs ont cultivé un certain nombre d'organismes en laboratoire et ont compté leurs cellules et leurs protéines, puis les a mélangés tous ensemble pour créer une communauté artificielle.

"Nous avons créé un certain nombre de ces communautés artificielles avec différentes distributions microbiennes afin que nous puissions tester pour voir si nous obtenons des résultats qui reflètent les microbes que nous avons initialement mis en place, ", a déclaré Kleiner.

Les résultats ont montré que les résultats de la nouvelle méthode reflétaient très efficacement les communautés microbiennes réelles.

Prochain, les chercheurs ont testé la nouvelle méthode dans les lacs de soude alcaline des Rocheuses, plans d'eau visqueux avec des valeurs de salinité et de pH élevées. Ils ont trouvé, dans l'un des lacs, que la nouvelle méthode était capable d'identifier les algues qui n'avaient pas été trouvées par la méthode de "comptage" la plus courante.

Les chercheurs ont également utilisé la nouvelle méthode pour examiner un ensemble de données existant sur la salive provenant de plusieurs bouches humaines et ont trouvé beaucoup plus de variations dans les communautés microbiennes que les études précédentes ne l'avaient montré.

« La nouvelle méthode donne une toute autre dimension sur la structure des communautés microbiennes, " Kleiner a dit. " Ce n'est pas nécessairement une " meilleure " méthode, mais complémentaire qui pourrait fournir un bien meilleur aperçu de ces communautés. »

Kleiner a ajouté que toutes les données de l'étude sont accessibles au public, afin que d'autres chercheurs puissent tester eux-mêmes la nouvelle technique.