Des chercheurs de l'AZTI, Biopolis S.L. (Espagne), L'Université d'Aveiro (Portugal) et la société Aguacircia Aquaculture (Portugal) ont évalué l'impact de l'utilisation de bactériophages qui combattent les agents pathogènes responsables des maladies qui affectent les espèces élevées dans les fermes piscicoles.

Le remplacement des antibiotiques par des phages est une option très prometteuse en aquaculture pour contrôler le transfert de bactéries pouvant être nocif pour les poissons et les consommateurs. Utilisation de ces organismes, qui infectent et détruisent les bactéries, réduirait considérablement l'impact environnemental des fermes piscicoles, tout en augmentant leur rentabilité en diminuant la mortalité dans les premiers stades du processus de sélection. Ces résultats sont issus du projet européen LIFE13 ENV/ES/001048-ENVIPHAGE.

Utilisation de bactériophages naturels, qui n'affectent pas la santé des poissons ou des consommateurs, est une alternative intéressante à l'utilisation d'antibiotiques. Des projets de recherche ont obtenu des résultats prometteurs en laboratoire, mais avant l'utilisation généralisée des bactériophages au niveau industriel, il est nécessaire de connaître l'impact de leur utilisation sur l'environnement et l'écologie marine.

Le projet Enviphage a cherché à combler cet écart entre le laboratoire et le traitement à l'échelle industrielle. Dans la recherche d'une stratégie qui améliore la santé des poissons d'aquaculture sans affecter l'environnement ou la sécurité des consommateurs, ce projet a travaillé sur l'identification de phages qui infectent et éliminent les pathogènes d'intérêt sans affecter les communautés bactériennes environnementales et intestinales, deux des points critiques pour l'utilisation de cette technologie dans les fermes piscicoles. Les bactériophages les plus prometteurs avec une action spécifique contre les agents pathogènes des poissons concernés ont été sélectionnés pour une éventuelle utilisation dans l'industrie. Leur efficacité a été prouvée en conditions réelles, et l'impact du traitement phagique sur les poissons a été évalué par le biais d'un suivi vétérinaire, et sur les communautés bactériennes marines et intestinales grâce aux technologies de séquençage de masse et aux études d'écologie bactérienne.

Les résultats obtenus lors de l'étude de 2017 montrent que la communauté bactérienne du tractus intestinal des poissons n'est pas significativement affectée suite au traitement avec les phages sélectionnés. Il a également été démontré que ce traitement ne modifie pas la population de bactéries marines dans les bassins de la pisciculture ou dans la rivière où se situe la pisciculture, il a donc un impact nul ou très limité sur l'écologie bactérienne.

Bactéries résistantes aux antibiotiques

L'aquaculture est le secteur de production alimentaire qui connaît la croissance la plus rapide au monde, avec un impact social et économique évident. L'aquaculture est une activité complémentaire à la pêche, qui fournit plus de 50 pour cent de l'approvisionnement mondial en poisson et fruits de mer.

Cependant, le secteur de l'aquaculture est également confronté à des problèmes liés au développement et au transfert rapide d'infections bactériennes dans les fermes piscicoles. Le traitement le plus courant pour prévenir de telles infections et réduire les lourdes pertes économiques correspondantes est l'utilisation d'antibiotiques.

Cependant, malgré le fait que les autorités sanitaires appellent à un usage responsable des antibiotiques, leur utilisation prolongée en aquaculture a conduit au développement de bactéries résistantes. D'autre part, beaucoup de ces antibiotiques sont non spécifiques, agissant non seulement contre l'agent pathogène problématique, mais aussi contre d'autres bactéries naturellement présentes dans l'environnement. Tout ça, avec l'appel des consommateurs pour des produits sans antibiotiques, a conduit à la recherche de solutions alternatives à l'utilisation des antibiotiques pour lutter contre les infections bactériennes, surtout dans les premiers stades, lorsque la vaccination n'est pas possible et que le maintien de l'écosystème bactérien est vital.