L'un des principaux arguments contre la vision traditionnelle de l'_Archaeopteryx_ en tant qu'ancêtre direct des oiseaux est le fait qu'il lui manque certaines des caractéristiques clés caractéristiques des oiseaux modernes. Par exemple, _Archaeopteryx_ a une longue queue osseuse, alors que les oiseaux modernes ont des queues courtes et pygostyle. _Archaeopteryx_ a également trois doigts sur chaque aile, alors que les oiseaux modernes n'en ont que deux.
Un autre argument contre la vision traditionnelle de _Archaeopteryx_ est le fait qu'il a été trouvé dans la même formation géologique que _Compsognathus_, un petit dinosaure carnivore qui n'est pas étroitement lié aux oiseaux. Cela suggère que _Archaeopteryx_ aurait pu vivre aux côtés des dinosaures, plutôt que d'être un ancêtre direct des oiseaux.
Malgré ces défis, la position systématique de _Archaeopteryx_ reste un sujet de débat. Certains scientifiques croient encore que l'_Archaeopteryx_ est un fossile de transition entre les dinosaures et les oiseaux, tandis que d'autres pensent qu'il s'agit d'un proche parent des dinosaures _Deinonychus_ et _Velociraptor_. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour résoudre ce débat.
