De plus, les enzymes peuvent également augmenter la vitesse de réaction en augmentant la concentration efficace du substrat. Ceci est réalisé en se liant au substrat et en le maintenant à proximité du site actif, qui est la partie de l'enzyme qui catalyse la réaction. En augmentant la concentration du substrat, l'enzyme augmente la probabilité que le substrat entre en collision avec le site actif et subisse une réaction.
Globalement, les enzymes accélèrent la réaction d'un substrat en réduisant l'énergie d'activation et en augmentant la concentration efficace du substrat. Ces effets permettent à la réaction de se dérouler plus rapidement et plus efficacement, entraînant une augmentation des vitesses de réaction.