BO3-3 est un ion borate, qui a une géométrie moléculaire planaire trigonale. L'atome de bore est hybridé sp2, avec trois orbitales hybrides sp2 équivalentes formant des liaisons sigma avec les trois atomes d'oxygène. L’orbitale p restante sur l’atome de bore est vide et perpendiculaire au plan des trois atomes d’oxygène.