Des scientifiques de l'Université d'Aberdeen ont mis au point une nouvelle technique qui pourrait aider à identifier la source d'une intoxication alimentaire ou d'une infection plus rapidement et avec plus de précision que les méthodes actuelles.

Les progrès dans le séquençage du génome entier (WGS) signifient que la séquence d'ADN complète du génome d'un organisme peut être obtenue en une seule fois.

Mais les méthodes permettant d'exploiter efficacement cette mine d'informations à des fins de contrôle des infections n'ont pas encore été pleinement développées.

Ecrire dans le journal Rapports scientifiques , les chercheurs décrivent une nouvelle technique dont ils ont démontré qu'elle pourrait faire correspondre plus précisément Campylobacter et potentiellement d'autres agents pathogènes d'origine alimentaire courants à leur source d'origine dans un délai considérablement réduit.

La bactérie Campylobacter provoque plus de maladies d'origine alimentaire que tout autre organisme, mais il est souvent difficile de déterminer où un patient a contracté l'infection car elle peut provenir de plusieurs réservoirs animaux, notamment le bétail, poulet, les cochons, moutons et oiseaux sauvages.

La technique développée par les scientifiques d'Aberdeen repose sur une nouvelle méthode d'apprentissage automatique, connue sous le nom de méthode de distance multilocus minimale (MMD), qui peut être utilisée pour « entraîner » un ordinateur à identifier les sources probables avec un degré élevé de précision.

L'étude a été dirigée par le Dr Francisco Perez Reche et le professeur Norval Strachan, tous deux des départements de physique et de sciences biologiques de l'Université d'Aberdeen.

Le Dr Perez Reche a déclaré:"Il existe un certain nombre de méthodes existantes pour calculer la source probable d'une infection, mais pour fonctionner efficacement, soit ils n'utilisent qu'une partie du séquençage du génome, ce qui signifie que les résultats sont moins ciblés, ou s'ils utilisent le génome entier, les calculs peuvent prendre jusqu'à deux jours.

"Lorsqu'il s'agit d'une épidémie d'infection, la rapidité et la précision de l'identification de la source probable sont essentielles.

"Notre méthode MMD entraîne l'ordinateur à identifier les sources probables d'origine d'une infection à Campylobacter en quelques secondes."

Le professeur Strachan a ajouté:"Cela a le potentiel de fournir rapidement des informations sur la source potentielle d'infection et pourrait être utilisé pour éclairer les stratégies visant à réduire les intoxications alimentaires."

La technique a été démontrée à un niveau théorique, mais des recherches supplémentaires seront nécessaires pour l'intégrer dans une technologie qui pourrait être à la portée des professionnels de la protection de la santé.

En plus de son utilisation dans les intoxications alimentaires, les chercheurs ont également examiné comment il pourrait être appliqué à l'évolution humaine en faisant correspondre des individus à des populations, pour déterminer la répartition géographique des différentes espèces et pour déterminer le type de tumeurs cancéreuses du sein.