Les appareils portables sont bien adaptés à la surveillance environnementale pendant la production alimentaire, et présentent des avantages clés en termes de facilité d'utilisation et d'identification d'une grande variété de bactéries, selon une nouvelle étude publiée dans la revue npj Science de l'Alimentation .

L'étude, par des chercheurs du Teagasc Food Research Program et du APC Microbiome Ireland SFI Research Centre, est le premier à tester des séquenceurs d'ADN portables en tant que solution de surveillance microbienne de routine pour les installations de production alimentaire.

Il est important d'identifier les microbes présents dans notre alimentation. Après tout, ils peuvent causer la détérioration des aliments et des maladies, des contrôles de routine sur la vie microbienne dans les installations de production alimentaire sont donc une nécessité. Cependant, techniques actuelles pour y parvenir, bien essayé et testé, ont quelques limites.

« Les tests de microbiologie dans la chaîne alimentaire ont, et continue de, compter sur les plus âgés, tests de microbiologie classiques tels que l'utilisation de gélose et de boîtes de Pétri, " a expliqué l'auteur principal de l'étude, Professeur Paul Cotter. "C'est une approche qui prend du temps et seuls les micro-organismes qui sont spécifiquement testés sont identifiés."

Le séquençage de l'ADN offre une alternative. Au lieu de cultiver des échantillons bactériens dans des boîtes de Pétri, il peut analyser rapidement l'ADN bactérien et identifier l'espèce dans un échantillon. Le piège ? Le séquençage conventionnel de l'ADN implique un équipement de laboratoire coûteux et seuls des techniciens de laboratoire hautement qualifiés peuvent effectuer la procédure et analyser les résultats.

Ce n'est pas une bonne solution pour la surveillance microbienne de routine dans les installations de production alimentaire très fréquentées. Une technologie plus récente offre un séquençage rapide de l'ADN avec un appareil portable facile à utiliser, mais personne n'avait testé son potentiel dans la production alimentaire jusqu'à maintenant. Professeur Cotter et ses collègues, dirigé par le Dr Aoife McHugh, a entrepris d'étudier comment une telle technologie de séquençage portable se comparerait au séquençage en laboratoire, en utilisant des écouvillons provenant d'une installation laitière en activité.

Étonnamment, l'appareil portable s'est avéré être similaire au système de séquençage en laboratoire plus vaste en termes de nombre d'espèces bactériennes qu'il a pu identifier dans les échantillons, suggérant qu'il a un potentiel en tant que dispositif de surveillance de routine dans la production alimentaire. Cependant, le petit appareil nécessite une quantité minimale d'ADN avant de pouvoir fonctionner correctement.

Dans la laiterie bien nettoyée, il n'y avait tout simplement pas assez de bactéries dans de nombreux échantillons, les chercheurs ont donc dû effectuer une étape supplémentaire pour amplifier l'ADN bactérien avant qu'il n'y en ait suffisamment à analyser. C'est un obstacle mineur, et les développements ultérieurs de la technologie peuvent aider à le surmonter.

"En tant que microbiologistes, l'utilisation du séquençage de l'ADN a révolutionné notre compréhension des fascinantes communautés microbiennes au fond des océans, les sommets des icebergs et une vaste gamme d'autres environnements, " a déclaré le professeur Cotter. " Bien que de telles études aient le potentiel d'avoir un impact sur nos vies à plus long terme, l'utilisation de ces technologies pour améliorer la qualité et la sécurité des aliments peut avoir un impact très rapide sur la vie quotidienne. Cette étude représente une étape clé vers un jour où les non-experts pourront utiliser des outils de séquençage de l'ADN pour effectuer des tests de microbiologie dans la chaîne alimentaire. »