Les archéologues s'appuyaient autrefois uniquement sur des artefacts, tels que des restes squelettiques, fossiles et tessons de poterie, pour en savoir plus sur les espèces et les cultures du passé. Les scientifiques d'aujourd'hui peuvent également étudier les protéines anciennes pour brosser un tableau plus complet des personnes qui vivaient sur les sites archéologiques, et les plantes et les animaux qu'ils élevaient et mangeaient, selon un article de Nouvelles de la chimie et de l'ingénierie ( C&EN ), le magazine d'information hebdomadaire de l'American Chemical Society.

Au cours des deux dernières décennies, les scientifiques ont séquencé l'ADN ancien pour découvrir des informations sur les humains ancestraux et d'autres animaux. Cependant, L'ADN n'est pas très stable sur de longues périodes de temps et ne peut pas être récupéré à partir de nombreux vestiges antiques, La correspondante principale Celia Henry Arnaud écrit. En revanche, les protéines sont plus résistantes :par exemple, les scientifiques ont récupéré et analysé les protéines d'une dent de rhinocéros vieille d'environ 1,77 million d'années. Pour identifier des protéines anciennes, la plupart des chercheurs s'appuient sur la spectrométrie de masse, en utilisant les données de cette technique pour rechercher des bases de données de protéines. Cependant, ils font face à des défis, comme la dégradation des protéines, contamination d'échantillons avec des protéines modernes et mise en correspondance des données spectrales de masse avec les informations d'une base de données de protéines moderne.

Malgré ces défis, les chercheurs ont fait des découvertes intrigantes sur la vie et l'alimentation des humains ancestraux. Par exemple, Jessica Hendy de l'Institut Max Planck pour la science de l'histoire humaine a extrait et analysé des protéines de récipients en céramique déterrés en Turquie, révélant que les pots servaient à préparer les grains, légumineuses, produits laitiers et viande. Pour étudier comment l'élevage d'animaux pour le lait s'est répandu à travers le monde, Christine Warinner, également à l'Institut Max Planck, analysé les protéines laitières dans la plaque dentaire des anciens Mongols, constatant qu'ils consommaient des produits laitiers bien avant les premières mutations génétiques connues pour la tolérance au lactose. De cette façon, l'étude des protéines anciennes peut fournir des informations qui ne sont pas disponibles en examinant uniquement l'ADN.