Tandis que phénotype fait référence aux caractéristiques observables, génotype fait référence à la composition génétique d'un organisme.

Il est important de noter que les organismes avec le même phénotype n'ont pas nécessairement le même génotype. Par exemple, deux plantes peuvent toutes deux avoir des fleurs violettes, mais elles pourraient avoir différentes combinaisons de gènes qui mènent à ce trait.